Nelle sale dei suoi tre piani, il Museo espone un ricco patrimonio di arte e cultura che spazia dall'XI al XIX secolo.
Il percorso espositivo si apre con la sezione dedicata all’iconografia del concilio di Trento, l’evento storico che ha segnato in maniera indelebile la storia città. I dipinti presentati al primo e al secondo piano documentano la ricca produzione artistica locale e il suo articolato rapporto con le aree limitrofe veneta, lombarda e tirolese. In uno degli ambienti della Torre di Piazza sono esposti alcuni raffinati codici miniati medievali.
Al secondo piano si possono ammirare sontuosi arazzi fiamminghi, sculture lignee e altari a portelle di epoca tardogotica. Un suggestivo passaggio, inoltre, permette di osservare dall’alto l’interno della cattedrale di San Vigilio.
Nella galleria al terzo piano, infine, si susseguono ricchi paramenti liturgici, antichi ricami e preziose oreficerie. Il percorso termina nella scenografica sala del tesoro della cattedrale, dove spicca la grande urna processionale di San Vigilio.